Naxçıvan Musiqi kolleci 30 aprel 2012-ci ilədək Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirliyinin tabeliyində olmuş,həmin vaxtdan Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin Qərarı ilə Naxçıvan Muxtar Respublikası Təhsil Nazirliyinin tabeliyinə verilmişdir
Hal-hazırda Naxçıvan Musiqi Kolleci Naxçıvan Dövlət Universitetinin nəzdində fəaliyyət göstərir.